Setelah pemilih melakukan pemungutan suara yang dimulai pada pagi hingga siang hari, KPPS yang diberi tugas oleh KPU melakukan penghitungan suara di masing-masing TPS. Setelah itu perhitungan akan dilanjutkan ke tingkat daerah untuk digelar rapat pleno rekapitulasi hasil penghitungan suara.
Selain KPU, ada pula kandidat, relawan, atau pihak Independen yang merupakan beberapa pihak yang mungkin melakukan penghitungan suara dengan metode Quick count, real count, atau hitung cepat. Meski demikian hasil penghitungan suara oleh KPUlah yang dianggap sah oleh KPU yang merupakan penghitungan resmi atau manual oleh KPU dan menentukan siapa yang menjadi pemenang dengan suara terbanyak Pilwali Kota Kupang ini.
Berikut ini hasil akhir perolehan suara atau persentase Pilwako masing-masing pasangan calon walikota dan wakil walikota di Kota Kupang 2017. Hasil Hitung KPU dari TPS (Form C1) Kota Kupang dengan data masuk : 660 dari 660 TPS atau 100%.
- Dr.jefirstson R.Riwu Kore,MM,MH dan dr.Hermanus Man 52.86% atau 87.160 suara.
- JONAS SALEAN, SH, M.Si dan NIKOLAUS FRANSISKUS, S.Ip 47.14% atau 77.730 suara.