Dalam pengundian nomor urut, para pasangan calon mengambil sendiri nomor urutnya di dalam bola emas yang mereka pilih.
Setelah dilakukan pengundian nomor, calon walikota dan wakil walikota M. Yunus - M. Muslimin mendapat nomor urut 1 dan pasangan Herman HN - M Yusuf Kohar mendapatkan nomor urut 2, sedangkan untuk pasangan Thobroni Harun - Kamarunizar mendapat nomor urut 3.